Dernière mise à jour : 28 March 2024
Ce livret décrit les moyens informatiques de l’unité et répond à quelques questions fréquentes en lien avec leur utilisation. Il concerne tout nouvel arrivant.
Votre compte est ouvert lors de votre arrivée à INRAE. Un identifiant
(login) et un mot de passe (password) provisoire vous sont
communiqués.
L’accès au compte est clôturé en fin de contrat.
Etant enregistré dans le LDAP (annuaire) INRAE, ce compte vous permet
d’accéder aux ressources de l’unité mais aussi aux ressources nationales
INRAE comme #temps
(qui vous permet de déposer vos congés) et celles proposées par RENATER
pour les établissements enseignement recherche (voir le paragraphe Accès
aux services collaboratifs de RENATER).
Une adresse de messagerie vous est communiquée à votre arrivée,
classiquement <prénom>.<nom>@inrae.fr .
La messagerie peut être consultée depuis un navigateur à https://messagerie.inrae.fr .
L’accés à la messagerie est clôturé 2 mois après la fin du
contrat.
Pour connaitre l’adresse mail d’une personne INRAE, vous pouvez
consulter l’annuaire accessible dans l’Intranet INRAE (ou bien
site https://www.inrae.fr/, lien Intranet en haut de page
d’accueil, puis lien Annuaire en haut de page).
Vous pouvez utiliser la plupart des clients de messagerie (Outlook, Thunderbird…) à condition de configurer manuellement vos paramètres IMAP et SMTP.
Les captures d’écran ci-dessous sont faites sur Debian Thunderbird 102.7.1 (64 bits) et peuvent varier par rapport à votre installation.
Créez un compte email.
Configurez manuellement les paramètres IMAP et SMTP comme suit (le lien ariane si la config ci-dessous ne fonctionne plus):
La première connection demandera vos identifiants email INRAE.
Transférez vos dossiers “Envoyés” et “Supprimés” vers les
équivalents Microsoft Exchange.
Explication : Thunderbird utilise par défaut les dossiers “Sent” et
“Trash” (traduit au niveau du GUI par “Envoyés” et “Corbeille”, mais
c’est bien la version anglaise qui est utilisée côté serveur). Comme on
ne peut pas configurer ces dossiers côté Exchange, il va falloir
configurer Thunderbird pour ne pas utiliser les noms par défaut mais
ceux de Exchange. Sans cette manipulation, les fichiers envoyés côté
Thunderbird n’apparaitront pas dans le dossier “Envoyé” côté Exchange et
vice versa.
A l’aide de votre compte de messagerie professionnelle vous pouvez vous inscrire sur https://www.tchap.gouv.fr et ainsi bénéficier d’une messagerie instantanée qui fonctionne même si les services d’INRAE sont indisponibles.
On va utiliser Davmail, qui est un serveur local agissant comme un proxy entre votre machine et les services web accessibles sur messagerie.inrae.fr . En deux mots, Davmail traduit les requêtes Thunderbird en requête EWS (le protocole des services exchange de microsoft). On présente aussi une solution alternative plus légère (mais moins complète) via le plugin Thunderbird TbSync.
Ce qu’il est possible de faire :
Ce qui n’est pas résolu :
Procédure pour accéder au calendrier et LDAP dans Thunderbird par Davmail
A. Installation et configuration de Davmail
sudo apt install davmail
B. Configuration de Thunderbird
(en changeant le nom d’utilisateur dans « Bind DN » car utiliser le mien sera probablement infructueux).
Procédure pour accéder au calendrier (et contacts) dans Thunderbird par TbSync
Dans Thunderbird, allez dans Extensions et installer les plugins suivants :
Après redémarrage, cliquez sur la petite icône avec une clé à molette et dans « Account actions », choisissez « Add new account » / « Exchange ActiveSync ». Cliquez sur « Custom configuration » et entrez :
Une fenêtre avec l’intégralité des ressources que vous pouvez synchroniser apparaît alors (elle contient vos calendrier, vos contacts et votre liste de tâches). Choisissez ce que vous souhaitez synchroniser. La synchronisation peut être effectuée de manière manuelle en utilisant le bouton TbSync disponible dans l’onglet principal de Thunderbird (en haut à droite dans la barre de menu) ou de manière automatisée en modifiant la valeur par défaut (0) dans l’option « Periodic synchronization (in minutes) ».
Plusieurs réseaux WiFi sont disponibles sur le site INRAE. Avec le LDAP INRAE, il est possible d’utiliser eduspot et inra-user sans configuration particulière. Il est également possible d’utiliser le réseau WiFi eduroam qui est disponible en dehors d’INRAE, dans les autres établissements d’enseignement et recherche en France et à l’étranger. La configuration du réseau eduroam (qui nécessite aussi votre LDAP INRAE) est la suivante :
ou bien parfois (selon les établissements) la suivante :
(en remplaçant le Username par votre login LDAP).
Pour se connecter au réseau INRAE et, en particulier, accéder à certaines ressources de l’unité (Intranet, serveurs de calcul, …) depuis l’extérieur comme si vous étiez à l’unité, il faut utiliser un VPN.
L’administrateur de l’unité demande l’accés au VPN INRAE pour tout
nouvel arrivant mais si cela n’a pas été fait, vous pouvez le faire vous
même en vous connectant sur la base de
connaissances Ariane dans « Demander un service / Informatique
d’appui et de proximité / Réseau-Sécurité et Téléphonie / Accédez à des
données et ressources informatiques de l’intranet depuis
l’extérieur.
Accès aux données et applications depuis l’extérieur ».
Vous pouvez vérifier les réseaux auquels vous avez accès par le vpn en consultant la page « Autorisation sur un périmètre » du site des outils réseaux de la DSI. Si tout est est bien configuré, vous devriez appartenir aux groupes suivants:
Si un groupe vous manque, l’informaticien·ne de proximité pourra vous y ajouter.
Pour configurer le VPN sur une machine INRAE, vous pouvez consulter la documentation Ariane : Accueil > Base de connaissances > Base de connaissance utilisateur (Base de connaissances) > Réseau - VPN - Client GlobalProtect pour aboutir à cette page. Un outre outil existe, openconnect, qui permet de bénéficier d’un bouton d’allumage et extinction du VPN directement dans l’applet de gestion du réseau sur Ubuntu. Pour l’installer, faire :
sudo apt install network-manager-openconnect-gnomeDans l’applet réseau, VPN Connections / Configure VPN, choisir :
À la connexion, il faut entrer le login et mot de passe LDAP.
Bien noter qu’il n’est pas permis d’installer le VPN sur une machine non
INRAE.
INRAE recommande l’utilisation de plusieurs outils visio :
sudo dpkg -i zoom_amd64.deb
sudo apt install -fLa première ligne de commande renverra des erreurs qui seront corrigées par la deuxième.
Régulièrement, il est nécessaire de mettre à jour le client zoom de son ordinateur (une visio ne se lance pas et il est demandé de faire une mise à jour). Il faut commencer par supprimer la version installée de zoom :
sudo apt remove zoompuis faire à nouveau l’installation du paquet zoom comme décrit plus haut.
Beaucoup de projets versionnés avec git sont hébergés sur la Forge MIA. L’accès à celle-ci se fait via la page https://forgemia.inra.fr/, avec l’identifiant et le mot de passe LDAP INRAE.
L’accès aux revues scientifiques se fait via le site RESELEC (Ressources Editoriales éLECtroniques). L’accès par un navigateur est filtré par reconnaissance du numéro IP des machines ou du login/password. Pour configurer RESELEC sur votre ordinateur, consulter cette page .
D’autres informations sur l’édition scientifique sont disponibles à ce lien.
INRAE propose une offre de formation à distance sur sa plateforme e-learning. Elle permet en particulier un accès à la plateforme ENI IT qui contient des ebooks et des e-formations orientés informatique.
La formation permanente du centre de Toulouse propose également des formations. Elles ont souvent lieu en présentiel et de préférence sur Toulouse.
Voir https://miat.inrae.fr/site/Accueil .
Vous pouvez ajouter/modifier votre page personnelle, et apparaitre
dans les membres du laboratoire en demandant un accès à ce repo : https://forgemia.inra.fr/miat-com/miat_website
puis en créant/modifiant votre page dans
/content/authors.
Un template est donné dans le dossier
/content/authors/nomprenom/
Pour les doctorant.e.s/post-doctorant.e.s vous pouvez également créer
une page, en plus de votre page de membre dans
/content/phdpostdocs
Si vous avez besoin d’aide pour une modification/un accès ou une question plus diverse, voici les référents du site web pour chaque équipe :
Voir https://vmalbe.toulouse.inrae.fr/Intranet/MediaWiki/index.php/Accueil (lien existant en bas de la page d’accueil du site Internet MIAT ). Dans l’Intranet, on trouve :
Les ordinateurs de l’unité (portables ou non) sont généralement sous
Ubuntu (Linux).
Sur un PC fixe, seule l’arborescence sous le répertoire MIAT est
sauvegardée (automatiquement). C’est l’arborescence qui est visible sur
les serveurs de calcul (sous Debian eux).
A noter que les PC portables ne sont pas sauvegardés automatiquement.
Chaque utilisateur est responsable de ses sauvegardes.
La connexion à distance à son PC fixe (nommachine), depuis un autre poste, peut se faire en utilisant son login / mot de passe habituel, par la commande :
ssh -Y login@nommachine.toulouse.inrae.frIl existe 3 serveurs de calcul : tapou, enfer, sullo sous debian
(Linux) et 2 machines GPU : gpu-miat, gpu2-miat. Ils sont décrits par
une page
de l’Intranet.
La connexion à un serveur, par exemple tapou, peut se faire par la
commande :
ssh -Y tapou.toulouse.inrae.frUn répertoire /scratch (non sauvegardé) est disponible pour accéder à
un espace local sur chaque serveur.
Pensez à vérifier l’utilisation d’un serveur avant de lancer des calculs
importants. Utiliser par exemple la commande htop. Pour une utilisation
de plusieurs heures, regarder les graphiques
d’utilisation des serveurs . Pour ne pas saturer le serveur (voir cette
page de l’Intranet, utiliser la
commande cageme ou les arguments des programmes pour limiter le
nombre de CPU utilisés.
Il existe des machines virtuelles permettant de travailler sous Windows avec les logiciels Microsoft Office, en ayant accès à son répertoire /home/utilisateur. Sous Ubuntu, taper la touche Windows et entrer ‘Windows’ dans la fenêtre de recherche pour lancer l’outil de connexion au serveur Windows.
L’unité dispose d’une imprimante (au RDC du bâtiment B8, à côté des casiers à courrier). Elle est normalement déjà configurée sur votre poste de travail et, si ça n’est pas le cas, sa configuration s’effectue comme indiqué à ce lien (disponible uniquement depuis INRAE ou en utilisant le VPN). Les impressions ne sont distribuées qu’après connexion sur l’imprimante (par badge ou en entrant vos login et mot de passe LDAP).
Chaque ressource accessible au prêt (PC portable, vidéoprojecteur,
clé 4G, …) est visualisable dans un calendrier (onglet ‘Calendrier’ sous
https://messagerie.inrae.fr).
Pour effectuer un prêt / une réservation, cliquer sur le lien ‘Nouvel
évènement’. Sur la ligne participants, indiquer ‘toulouse-miat-’ puis
appuyer sur la touche TAB, les options possibles sont alors
listées.
Le matériel est à récupérer dans le coffre du local à fournitures.
Pour pouvoir réserver une salle du bâtiment MIAT ou consulter les
réservations, il faut être inscrit aux calendriers créés par Nathalie
Vialaneix (voir documentation).
Il suffit alors de créer un ‘Nouvel évènement’.
D’autres salles sont réservables dans les autres unités INRAE du centre.
Dans ce cas, la réservation se fait en créant un évènement dans le
calendrier personnel (onglet ‘Calendrier’ sous https://messagerie.inrae.fr) et en ajoutant cette salle
comme participant. Les noms des salles peuvent être trouvés en tapant
‘toulouse’ dans le champ participant et en demandant la complétion
(touche TAB). Les salles apparaissent dans la liste avec tout ce qui est
réservable sur le centre INRAE.
Avec son compte de la forge il est possible d’utiliser le service de messagerie instantanée https://forgemia.inra.fr/adminforgemia/doc-public/-/wikis/Mattermost. Il existe un client mattermost qui peut être installé avec :
curl -o- https://deb.packages.mattermost.com/setup-repo.sh | sudo bash
sudo apt install mattermost-desktopSur l’instance mattermost de la Forge MIA, il existe un serveur dédié pour l’unité (miat-saab) : https://team.forgemia.inra.fr/signup_user_complete/?id=31c3yyqketnutepp4mnpst5rsw
Pour les outils INRAE, un 1er niveau d’assistance peut être trouvé
sur le portail Ariane INRAE https://ariane.inrae.fr.
Pour les outils MIAT, un 1er niveau d’assistance peut se trouver dans
l’Intranet de l’unité (voir paragraphe Intranet MIAT).
Un 2ème niveau d’assistance est assuré par Mikael Grialou et Florent
Blaise (informatic-miat@inrae.fr).
INRAE en tant qu’institut de recherche fait partie de RENATER (réseau français reliant les différents établissements enseignement recherche), ce qui permet d’accéder aux services collaboratifs de RENATER :
Certains calculs de bioinformatique peuvent nécessiter des ressources importantes et peuvent être lancés sur les serveurs de l’unité ou bien sur le cluster Genotoul Bioinfo. Le site web de la plateforme bioinformatique de Toulouse http://bioinfo.genotoul.fr/ vous donnera les informations pour accéder et utiliser le cluster. En particulier : • le lien pour demander un compte • le lien pour accéder à la FAQ. Un tutoriel sur l’utilisation de R sur le cluster est disponible ici.
En pratique, l’accès au cluster se fait par ssh :
ssh <user_id>@genobioinfo.toulouse.inrae.fr(ou, pour l’accès à l’ancien cluster,
ssh <user_id>@genologin.toulouse.inra.fr.
L’envoi de fichiers peut être effectué avec la commande
scp ou bien avec un utilitaire Linux graphique comme gftp
(sudo apt install gftp).
Le partage de fichiers de type « google doc » ou « google calc » par
exemple peut se faire via l’instance nextcloud d’INRAE : https://nextcloud.inrae.fr.
Pour disposer d’un espace de stockage, il faut adresser une demande
d’espace personnel sur https://ariane.inrae.fr : Demander un service /
Informatique d’appui et de proximité / Infrastructures Informatiques
Collectives / Espace individuel – My Drive. Vous pouvez ensuite aussi
installer le client nextcloud sur votre ordinateur pour une
synchronisation automatisée :
sudo apt install nextcloud-desktopUne fois installé, sa configuration se fait avec l’adresse https://nextcloud.inrae.fr et votre LDAP INRAE. Il faut décocher l’option « Demander pour la synchronisation des stockages externes ».
Pour connaître les commandes de base Linux, vous pouvez regarder cette vidéo
d’introduction à linux et réaliser les exercices de cette
autre vidéo. Il existe aussi d’autres ressources comme https://www.sitedetout.com/commandes-linux-de-base/ ou
https://www.shellunix.com/commandes.html ou des cours
plus avancés comme la première semaine de ce
cours en ligne ou bien ce jeu en ligne.
Pour installer un nouveau logiciel sur votre poste de travail, commencez
toujours par regarder si il est disponible dans ‘Ubuntu software’ (icône
valise orange avec un A écrit dessus). Le système se chargera alors de
vérifier les compatibilités avec les autres logiciels installés.
R et RStudio sont généralement disponibles par défaut sur les machines. Sous Ubuntu, taper la touche Windows et entrer R dans la fenêtre de recherche pour lancer R ou Rstudio.
Si cela n’est pas le cas :
sudo dpkg -i …
sudo apt install -f La première ligne de commande renverra des erreurs qui seront corrigées par la deuxième.
sudo apt install r-base r-base-dev r-recommendedPour une utilisation plus avancée de R (et notamment pour fixer une version de R et/ou des packages utilisés dans un projet donné avec renv), des recommandations d’installation personnalisées et de bonnes pratiques sont données ici.
Des modèles de document INRAE (non officiels) pour Rmarkdown et
Quarto sont disponibles à ce lien (avec un
thème ggplot2 basé sur les couleurs INRAE).
Matlab est disponible sur les serveurs.
Une page
de l’Intranet indique les licences disponibles sur les serveurs
(gestion par jeton) et sur certains PC, propose les comptes rendus des
réunions annuelles Matlab de l’unité et fourni une petite FAQ.
Sous Ubuntu, taper la touche Windows et entrer ‘matlab’ dans la fenêtre
de recherche pour lancer Matlab sur un des serveurs de calcul.
Pour Python, pas d’environnement disponible par défaut. Chaque
utilisateur peut charger celui de son choix sur son ordinateur (par
exemple PyCharm
(PyCharm EDU dans ‘Ubuntu software’)).
Pour installer les packages Python, lorsque c’est possible utiliser la
commande pip :
pip install <package> L’installation de git sur Linux se fait avec :
sudo apt install git gitk Il faut généralement configurer vos noms et email utilisateurs et vous pouvez aussi configurer l’éditeur utilisé pour écrire les messages de commit comme dans l’exemple ci-dessous (à adapter à vos besoins) :
git config --global user.name "Prénom Nom"
git config --global user.email Prenom.Nom@inrae.fr
git config --global core.editor nano Pour beaucoup de projet git, il peut être utile d’y accéder avec une clé SSH. Pour créer une paire de clés SSH, faire :
ssh-keygen -t rsa Il faut ensuite installer (ou faire installer) la clé publique qui
est dans le fichier ~/.ssh/id_rsa.pub dans le dépôt git
(sur la forge MIA, cela se fait dans Préférences – en haut à droite –
puis SSH keys – partie gauche de l’écran).
Par ailleurs, des formations de base à git (pour les statisticiens par exemple) sont disponibles à ce lien et ce lien.
LaTeX peut être installé avec :
sudo apt install texlive-* kile jabrefPour des formations ou une utilisation plus avancée de LaTeX :
beamer) mais, sur les
versions récentes, il est installé automatiquement avec texlive (dans le
paquet texlive-latex-recommended) ;À noter :
wget -qO- https://raw.githubusercontent.com/retorquere/zotero-deb/master/install.sh | sudo bash
sudo apt update
sudo apt install zoteroIl existe également un plugin Zotero pour Firefox qui permet d’ajouter une référence en un clic depuis la page correspondante du navigateur.
Ce document est issu d’une rédaction collective par différents membres de l’unité MIAT. Il est maintenu dans la Forge MIA et disponible à l’adresse suivante : https://forgemia.inra.fr/miat-com/livret-info/-/edit/main/Livret-Informatique-MIAT.md
Ce
document est mis à disposition selon les termes de la
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